O professor temporário tem os mesmos direitos legais do professor substituto.

O professor substituto é contratado para suprir falta de professor efetivo em razão de: vacância do cargo; afastamento ou licença, na forma do regulamento; ou nomeação para ocupar cargo de direção de reitor, vice-reitor, pró-reitor e diretor de campus.

O professor temporário é contratado para suprir demandas decorrentes do Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni), respeitados os limites e as condições fixados em ato conjunto dos Ministérios do Planejamento, Orçamento e Gestão e da Educação.

Portanto, a diferença existente é para a Instituição: enquanto o professor substituto, para ser contratado, necessita que haja um código de vaga docente correspondente a uma vacância ou a um afastamento previsto em lei, e seu quantitativo total não pode ultrapassar 20% do total de docentes efetivos em exercício na Instituição, para contratar um professor temporário não há essas exigências, posto que ele é admitido para atender à expansão das Instituições Federais de Ensino.

Fonte: www.ufgd.edu.br